Tiêu chuẩn quy định phương pháp sản xuất và trong một số trường hợp là kết quả cuối cùng cho nông nghiệp hữu cơ. Tiêu chuẩn có thể là quy định tự nguyện hoặc luật hóa. Vào đầu những năm 1970 các hiệp hội tư nhân chứng nhận sản xuất hữu cơ. Trong những năm 1980, các chính phủ đã bắt đầu xây dựng các hướng dẫn sản xuất hữu cơ. Trong những năm 1990, một xu hướng tiêu chuẩn luật hóa bắt đầu, đáng chú ý nhất năm 1991 các nước liên minh châu Âu đã cho phát triển bộ tiêu chuẩn EU-Eco,[79] trong đó thiết lập các tiêu chuẩn cho 12 quốc gia, và ở Anh năm. Theo sau các tiêu chuẩn của EU là Nhật Bản năm 2001 và Mỹ trong năm 2002 (Mỹ đã tạo ra tiêu chuẩn hữu cơ quốc gia (National Organic Program -NOP).[80] Đến năm 2007, có hơn 60 quốc gia đã quản lý canh tác hữu cơ (IFOAM 2007: 11). Năm 2005 IFOAM tạo ra các bộ nguyên tắc của nông nghiệp hữu cơ, một hướng dẫn quốc tế về tiêu chuẩn chứng nhận.[81] Thông thường các cơ quan công nhận thoe nhóm chứ không phải là các trang trại cá nhân.

Sản xuất vật liệu hữu cơ được sử dụng trong thực phẩm lại được kiểm tra độc lập bởi Viện nghiên cứu về vật liệu hữu cơ.[82]

Phân ủ

Sử dụng phân bón cũng có thể đem đến nguy cơ gây ô nhiễm thực phẩm có vi khuẩn từ ruột động vật, kể cả các chủng gây bệnh của vi khuẩn E.coli đã gây ngộ độc chết người do ăn thực phẩm hữu cơ.[83] Để phòng ngừa nguy cơ này, bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ đã đưa ra tiêu chuẩn canh tác hữu cơ yêu cầu phân phải được khử trùng qua nhiệt độ cao trong phương pháp ủ yếm khí sinh nhiệt. Nếu phân động vật được sử dụng, phải được cách ly 120 ngày trước ngày thu hoặc sản phẩm (nếu sản phẩm cuối cùng tiếp xúc trực tiếp với đất, hoặc cách ly 90 ngày trước thu hoạch nếu sản phẩm thu hoạch không tiếp xúc trực tiếp với đất.[84]